キュアローズガーデンの扉を通って、フローラのもとへと急ぐココとナッツ。でも、アナコンディの力でプリキュア5を石に変え、行く手をはばむ者がいなくなった館長もまた、一人、キュアローズガーデンへと向かっていました。そして、ついに館長はフローラのところに、やって来てしまいます。ビックリするフローラに、館長はキュアローズガーデンだけでなく、フローラさえも自分のコレクションにすることを宣言しました。自分の力を見せつけるために、館長はキュアローズガーデンのバラを散らします。そうすると、その影響で、現実の世界にも大きな被害が起こるのでした。

一方、石に変えられて、エターナルに閉じ込められてしまったプリキュア5を、なんとか助けようとするミルキィローズとシロップ、メルポ。でも、エターナルの扉は館長の力で封印されてしまって、簡単には中へ入ることができません。あきらめそうになる3人の前に、何故かブンビーが現れました。プリキュアを見に行くというブンビーの後を追ったローズたちは、保管室にコレクションとして置かれていたプリキュア5を発見します。ローズたちは、なんとかプリキュア5を元に戻したいと願いますが、その方法がわかりません。困りはてているローズとシロップの前に、メルポからプリキュア5の手紙が出てきました。

プリキュア5の心が生きていることを知ったシロップは、フローラが館長に送った種に向かって、みんなへの思いを告白します。すると奇跡が起こり、プリキュア5が元の姿へと戻っていきました。しかも、その姿はパワーアップしたスーパープリキュアになっていたのです。ついに完全復活をはたしたプリキュア5の姿を見て、安心するローズたち。そして、改心してエターナルを裏切り、プリキュアを助けるのに手を貸してくれたブンビーを初めて名前を呼んで、「ありがとう」と感謝したキュアドリームは、みんなと一緒にシロップに乗って、キュアローズガーデンにいるフローラのもとへと急ぎました。

館長からフローラを助けるため、希望を捨てずにガンバっていたココとナッツのもとへ、ついにプリキュア5が到着しました。スーパープリキュアにパワーアップしたプリキュア5のパワーの前に、さすがの館長も一方的に倒されます。でも、そう思った次の瞬間、館長はその鎧を脱ぎ捨てると、本来の姿へと変身してしまいました。その強大で邪悪なパワーの前に、次々と倒されてしまうプリキュア5。その姿を見て、勝利を確信した館長は、命の庭と呼ばれるキュアローズガーデンを支配して、永遠に世界のすべてを支配するという野望を高らかに宣言するのでした。