ほのかが部長を務める科学部が、今年も研究発表会に挑むことになった。しかし研究テーマの候補である「ゴミと私たち」「雷の発生」のどちらを選ぶかで、早くも不穏な空気が流れ始める。多数決をしようにも、イマイチ研究のイメージがつかめず棄権者が続出。下級生に助けを求められたほのかも、「みんながやりたい方でいいと思う」とどちらつかず。その末に「雷の発生」なら去年の成果もあって楽かも…と、発表会でのグランプリ二連覇をカタいものにするだけの決定に落ち着いてしまった…。

思い出されるのは、一致団結して挑んだ去年の研究発表会。紆余曲折はあったものの、あの時は充実した日々を過ごすことができた…。それなのに今年は、グランプリ二連覇を目指そうにも、雷の研究は去年の段階でやり尽くしてしまってアイデアが煮詰まっている状態。それはほのかにも影響を及ぼしており、研究に使う機器の設計図を仕上げなければならないのに、遅々として進まない様子だった…。研究が始まっているにも関わらず、下級生たちは相変わらず何をしていいのか解らないでただ突っ立っていることもあり、部全体に重い空気が漂い始める。

「科学部は、ほのかがグイグイ引っ張って行かなきゃダメなのよ。そのためにも、今はほのかが一番やりたいと思っているテーマをやった方がいいよ」…それは同級生のユリコの言葉だった。ユリコは部でも何かとほのかの支えとなっており、部長になってから部員たちに遠慮がちになっていたほのかを案じていたのである。そんな時、ほのかは気づいてしまう。自分が何故科学部に入ったかということを。そして入部当時は持っていた、キラキラと輝くような探究心を失っていたことに…。

ほのかを元気付けたのは、なぎさの何気ない一言だった。「ほのかって、本当にこういうもの考える好きだよね」…タコカフェで使っているオーダー登録リモコンがほのか製作のものだと知り、感心するなぎさ。それでほのかは思い出した。自分が科学部を選んだ理由を。そして部員たちに研究テーマの変更を伝え、グランプリを獲ることよりも大切な「発表会を通じて、研究する楽しさ」を教えたのだった。それからのほのかたちは、「ゴミと私たち」をテーマに研究を楽しみ、発表会の当日にザケンナーに襲撃されるというアクシデントに見舞われるものの、充実した結果を得ることができたのだった。