テストだと言うのに、クラスメイトの莉奈は窓の外をぼうっと眺めていて別のコトに気を取られているよう。そのことは志穂も気がついており、相談されたなぎさとほのかも頭を悩ませる。アカネは「好きな男のコができたんじゃない?」と言うが、無二の親友である志穂から見れば、それは有り得ないらしい。何とも原因不明でミステリアス…!?　しかも「悩みがあるんじゃないの?」と莉奈本人に尋ねてみても、本人は否定するばかり。だが「悩みなんてナイ」とは言いつつ、「ひとりでも面倒みられるから」と意味深な言葉を残して、謎は深まるばかりだった…。

「絶対に何か悩んでいる」…と確信しつつ、莉奈が口を閉ざしては何も分からない。そこでなぎさ・ほのか・志穂は、莉奈の後をつけることで、ついに彼女の『ヒミツ』を突き止めた。『莉奈のヒミツ』…それは彼女が保護した子ダヌキ「ぽんたの介」のことだった。実は一週間前のこと、スケッチをしようと森にやって来た莉奈は、ケガをした「ぽんたの介」を発見して、ずっと世話をしていたらしい。しかしそのせいで情が移ってしまい、マンション住まいの彼女は飼うこともできずに悩んでいたのである。

莉奈のことを理解し、「ぽんたの介」を自然に帰すか、ずっと飼い続けるかのどちらを択んでも応援すると決めた志穂。その頃、なぎさとほのかも複雑な心境を抱えていた。何故なら彼女たちはメップル・ミップル・ポルンという愛すべき仲間がいて、いずれは別れの時が来る事になるからである。莉奈と「ぽんたの介」の問題が、決して他人事ではなくなったことで深刻さが増すなぎさたち…。そんな中、12のハーティエルのひとり「ウィシュン」が突然現われて、謎の警告を発していた。「『真実』が近づこうとしている」…と。

「いつまで、今のままでいられるのだろう」「いつかは、別々の世界へ」…なぎさとほのかに悩みがうつる中、莉奈は「ぽんたの介」との別離を決意していた。しかしそんな重要な時でも、闇の勢力は容赦なく襲い掛かってくる。彼らが『主』と仰ぐ少年が「洋館の外に出たい」…と外の世界に興味を抱いたことで、邪魔者のプリキュアたちを排除に来たのだ。しかしなぎさたちはそれを撃退。莉奈は寂しいながらも「ぽんたの介」を自然に戻そうとし、『答え』を導き出したなぎさたちは「今を精一杯生きるしかない、仲間たちと共に」…とかたい決意を胸に抱くのだった。