最高の修学旅行！！…の、はずなのに、ザケンナーや闇の戦士に襲撃されたり、ひかりがやって来てしまったりと、なぎさやほのかはトラブルに見舞われていた。もちろんひかりに悪気はなく、周囲につきまとう謎の気配に怯えて、なぎさたちに助けを求めたにすぎない。実は闇の洋館の少年が再び外に出たことで、その対極に位置するひかりに影響が出たのだが、それを本人たちが知る由もなかった。ひかりがやって来た理由を「なぎさたちに連絡を取らなければならなくなったが、連絡がつかずに仕方なくやって来た」とよし美先生に説明することで、ひとまず危機を回避するが…。

「真実がそこまで近づいています…」…ウィシュンがチェアレクトから出てきたという異変、彼女の気になる言葉、それらが意味するのは…洋館の少年！！ようやく事態が切迫していることに気付いたなぎさたちは、緊張感を高め警戒する。そして少年を追ってきた闇の戦士たちも、少年の中で起こりつつある『変化』に神経を尖らせていた。そんな中、ウラガノスが調査のために行動を開始するが…。しかし翌日になると、なぎさたちはすっかり落ち着きを取り戻し、莉奈や志穂たちと一緒に自由行動にハリキるのだった。

「京都の土産モノ屋制覇ツアー」で試食の八ツ橋に舌鼓を打つなぎさ。日本人形の雅に感激するほのかとひかり。そして、ほのかたっての希望で路面電車に乗った一同は、その物珍しさに感動しつつ、一路、嵐山へ…。渡月橋に目を輝かせ、色鮮やかな紅葉に感動し、人力車の乗り心地を満喫した一同は、改めて古都の魅力である『和』のファンタジーに浸るのだった。一方、やはり京都を訪れていた謎の少年は、ビブリスが見守る中、なぎさたちと同様に古都の家並みにただ圧倒されるばかりで…。

その頃、莉奈や志穂と別れたなぎさたち3人は、12のハーティエルのひとり「ブロスン」と出逢う傍ら、ウラガノスとザケンナーに襲撃されていた。そしてひかりも、迷い込んだ鳥居の空間で謎の少年と邂逅。瞬間、2人を包む空間が変容し、付近で戦闘していたなぎたちにも影響を及ぼす。そして異変に気付いたなぎさとほのかが駆けつけた時には既に遅く、まるで弾かれるように倒れたひかりと少年は、そのまま意識を失うことになってしまうのだった…。修学旅行は無事に終るものの、一体、何が2人に起こったのだろうか！？