最後にして最強の敵『ゴーヤーン』!!　彼が正体を現した事で、いよいよ最終決戦が始まった。咲・舞・満・薫の四人は力を合わせ、この難しい事態を切り抜けようとする。しかしゴーヤーンの滅びの力はあまりにも強大すぎた…。目の前に広がるこの海が『太陽の泉』であると気付いた彼は、滅びの力を発揮して泉を消滅。緑の郷を見るも無残に変えてしまったのである…。どんよりとした空、草木一本ない荒涼とした大地…。後に残ったのは、絶望に染まった世界だけ。だがプリキュアたちはくじけなかった。決して諦めなかった!!

ボロボロになるまで叩きのめされた上、緑の郷を滅ぼされて一度は絶望した咲たち。だが彼女たちは立ち上がる。…新たな力を手に入れて!!　「ソフトボールの試合、今年は準優勝だったから…来年は絶対に勝つって先輩と約束したの…」…不意に話し始める咲。それに満が続く。「私、パンを作ってみたい…」。さらに薫は、「私は絵を…。舞やみのりちゃんみたいに、見る人を笑顔にさせるような絵を描きたいわ」。そして最後に舞が言い放つ。「私は、これからも咲や皆の笑顔をたくさん描き続けるわ。スケッチブックいっぱいに、未来を描きたい…!!」と。

彼女たちは、それぞれ未来を見ていた。平和になった後の未来を…。だからこそ立ち上がり、力を合わせて戦う。絶対に諦めない!!　それは強い力となってゴーヤーンを直撃。ついに彼を撃破した!!　これにより精霊の力が元に戻り、緑の郷も、泉の郷も復活。まるで何事もなかったかのように日常を取り戻した。さらに咲たちは知る。大空の樹こそ、二つの世界をつなぐ世界樹であったことを…。だが、嬉しいことばかりではなかった。滅びの力が失われたせいで、満と薫の生命も尽きてしまったのである…。

満と薫を抱き、泣き崩れる咲たち。こうなる事は分かっていた。でも…残酷すぎる!!　だが、それを精霊たちが救ってくれた…。精霊の力を結集し、二人に新たな生命を与えてくれたのだ!!　これで本当に、すべてが元通り…。舞も、満も、薫も、日常を噛みしめるように楽しみ、念願だったパン作りやスケッチに打ち込む。そしてソフトボール部のキャプテンになった咲は、クラスメイトや舞・満・薫に応援してもらい、初優勝を掴み取るのだった…。すべてが元のまま。いや、出逢った時以上に楽しい日々…。四人はこれからも共に過ごすのだ。こうやって、ずっとずっと一緒に…。