サンクチュアリへ偵察に向かうことになった星矢、瞬、紫龍。ところが、乗っていた飛行機が操縦不能に陥り、墜落してしまう。星矢への復讐に燃えるシャイナが、連れていたスパルタンに命じて念動力を使わせたのだ。シャイナとスパルタンにペルセウス座のアルゴルを加え、不時着した地中海の孤島を舞台に戦いが始まる。