ある日、謎の隕石が現れました。すると、ロイヤルクロックが突然光り、その光をあびたキャンディは姿を変えてしまいます。何が起こったかわからず、おどろくみゆきたち。そのころ、ウルフルン、アカオーニ、マジョリーナたちはジョーカーに呼び出されていました。ジョーカーは現れた隕石がピエーロの卵だと言うと、どんな望みでも叶えるミラクルジュエルが見つかったことを伝えます。そして、三幹部に最後の黒っ鼻を渡しました。黒っ鼻は使うと命を縮めるのですが、三幹部は覚悟してプリキュアに挑むことを決めます。

キャンディが変わってしまい、あわてているみゆきたちの前にポップが駆けつけました。ポップはキャンディがミラクルジュエルになったとみゆきたちに教えます。それを聞いてビックリするみゆきたち。そこへ三幹部が現れ、ピエーロ復活に必要なバッドエナジーを集め、街をバッドエンド空間に変えてしまいます。みゆきたちはプリキュアに変身、三幹部の挑戦を受けました。三幹部は黒っ鼻の力を最大限に引き出してプリキュアに攻撃を仕掛けます。その圧倒的な力の前にプリキュアは決め技を破られ、倒されてしまいました。

しかし、プリキュアは最後の力を振り絞って立ち上がります。そして、プリンセスモードに変身、最大の決め技『プリキュア・レインボーバースト』を放ちました。でも、三幹部も悪の技『バッドエンドバースト』を放ち、レインボーバーストごとプリキュアを倒してしまいます。勝利を確信し、みんなをもっと不幸にしようと考える三幹部。プリキュアは、どうして三幹部がそんなに悪いことをしようとするのかをたずねます。三幹部は、自分たちが絵本でいつもみんなから仲間外れにされ、いじめられてきたからだと答えました。

三幹部の悲しい過去を知り、どうしたらいいかわからなくなってしまうプリキュア。そんなプリキュアに三幹部は攻撃を仕掛けました。でも、キュアハッピーは『友だち』になろうと優しく語りかけます。その優しい言葉に心打たれた三幹部の身体から、悪い心が抜けていきました。そして、三幹部は元の妖精の姿であるウルルン、オニニン、マジョリンへと戻っていきます。みんなは喜びますが、そこへジョーカーが現れました。ジョーカーは、ピエーロが復活することを告げると、三幹部から抜け出した悪い心とキュアデコルを合体させ、悪のプリキュアであるバッドエンドプリキュアを誕生させてしまいます！