晴れわたる青空の下、メイジャーランドでは年に一度の大音楽会が開かれていた。歓声の中、壇上に上がる歌の妖精ハミィ。世界の幸福と人々の平和を約束する幸福のメロディをハミィが歌うというその時、暗い闇とともにメフィストとその部下のセイレーン、トリオ・ザ・マイナーが現われる。幸福のメロディが書かれた伝説の楽譜を奪い、不幸のメロディに書きかえるというメフィストたち。アフロディテはとっさに伝説の楽譜を守るため、楽譜の音符を人間界にばらまく。音符を追って人間界に向かうセイレーンとトリオ・ザ・マイナー。ハミィもまたアフロディテに音符を探すように言われ、人間界へと向かうのだった。

アフロディテは、人間界には共に戦う戦士がいるとハミィに言う。その名も伝説の戦士、プリキュア――その頃、人間界にある私立アリア学園中学校のグラウンドでは北条響が「ここで決めなきゃ女がすたる！」と勢い良くサッカーのゴールを決めていた。サッカー部の助っ人でお腹がすいた響はスイーツ部に立ちよりケーキをつまみぐい。それを見たスイーツ部の南野奏は「行儀が悪い」と響を怒る。会えばいつもケンカばかりの響と奏にあきれる周囲の生徒たち。そんな二人だけれど、小さい頃は毎日一緒に遊ぶほどの仲良しだったのだ。響と奏は一人になると、お互いに言い争ったことを後悔していた。

響は一人、小さい頃、奏とよく一緒に来ていた調べの館にやってくる。そこには怪しげな歌うたい、エレンがいた。悲しい言葉で響の心を揺さぶるエレン。エレンは響に宿るト音記号を見つけると、突然猫の姿になってト音記号を奪おうとする。逃げる響を囲むトリオ・ザ・マイナー。ピンチのその時、フェアリートーンを引き連れたハミィが現われ、なぜかセイレーンとケンカをはじめる。響はケンカするセイレーンとハミィの姿に、自分と奏を重ね合わせる。すると、そこへレコードを持ってやってくる奏。奏が持ってきたレコードは響と奏の思い出のレコードだった。

二人の思い出のレコードに音符を見つけたセイレーンは、音符に息を吹きかけレコードをネガトーンにしてしまう。大切なレコードを怪物にされてショックの響と奏。すると同じ気持ちになった二人の心の中のト音記号が光りはじめる。「ぜったい許せない！」と二人が声を揃えて叫んだ瞬間、キュアモジューレが現われて二人はキュアメロディとキュアリズムに変身！ しかし突然プリキュアになったことにとまどう二人は、倒すどころか、ネガトーンの攻撃を必死に避けるばかり。プリキュアになっても息の合わない二人はまたいつものようにケンカを始めてしまうのだった。