集めた音符すべてを取られてしまったことに落ち込みつつも、メフィストを助けたミューズのことを思う響、奏、エレン、ハミィ。ミューズもかつてのエレンのように悪に操られているのかと考えるが、何か別の理由がありそうだと思う響たち。その頃、ミューズを説得しようと人間界へ向かおうとしていたアフロディテに、プリキュアを信じ人間界に来るのを思いとどまるように言う音吉。一方、伝説の楽譜に音符を並べるメフィストは不幸のメロディが完成するにはまだ音符が足りないことに気づく。

調べの館ではドドリーに話しかけるフリをして音吉がミューズに「守りたい人を本当に守るとはどういうことなのか」と問いかけていた。その言葉を黙って聞くミューズ。一方、足りない音符を探しにきたメフィストは時計塔の楽隊の人形をネガトーンにしてしまうと、加音町にある残りの音符をすい集めようとする。ネガトーンの演奏で悲しむ町の人々――その中には奏太の姿もあった。嘆き悲しむ奏太の姿を苦渋の顔で見つめるミューズ。すると、奏太のもとにやってきた響、奏、エレンが見守るミューズの存在に気づかないままプリキュアへと変身！

プリキュアにおされるネガトーンにヘッドフォンを使って悪のパワーを送り込むメフィスト。その様子に自分自身もまたヘッドフォンを使って悪の心を植えつけられていたことを思い出すビート。そしてメロディたちは同じヘッドフォンをつけたメフィストもまた何者かに悪に染められているだけかもしれないと気づく。そんなメフィストと戦うべきなのかと悩むリズムとビートに、メフィストとではなくメフィストを操る悪の心と戦うのだ、と言うメロディ。三人はクレッシェンドトーンの力を借りてネガトーンに向かっていく。倒れたネガトーンが元の楽隊人形に戻ると、メフィストは自らネガトーンになるのだった。

そんなメフィストの悪の心を打ち消そうと立ち向かうメロディ、リズム、ビート。ネガトーンになったメフィストの圧倒的な力に打ちのめされるも、メフィストを守りたいという気持ちで必死に立ち上がるメロディたち。見ていたミューズはメロディたちに向けられたメフィストのパンチを止める。メフィストに向かって「もう止めて、パパ！」と叫ぶミューズは自分から仮面を取り、黄色いプリキュアの姿を現す。その正体はアコだった。パパを守るためにパパを操る悪い心と戦うと言うミューズ。一瞬、メフィストから悪の心が消えそうになるが、ヘッドフォンから聞こえるノイズの力がメフィストを苦しめながらどこかへと消し去ってしまうのだった。