朝、目覚めたハミィは、フェアリートーンたちを見てこれまで集めた音符が全てなくなっていることに気づいてビックリ。すぐに集まって相談する響、奏、エレン、アコ。どうして音符がなくなってしまったのか考えるが答えはでない。しかしあきらめずにまた音符を探して集めようと言う響の言葉に、四人は音符集めに向かう。一方、不幸のメロディを完成させるためにはまだまだ音符が足りないことを知ったトリオ・ザ・マイナーも音符を集めようと意気込んでいた。

音符を集めやすくするために、響きたちは音吉さんにパイプオルガンを弾いてほしいと頼む。パイプオルガンの演奏で加音町のあちこちからたくさんの音符が出てくるのを懸命に集める響たち。そのころ浜辺で音符を集めていたトリオ・ザ・マイナーたちもパイプオルガンの音にたくさんの音符が出てくるのを見て町へと向かう。音符を集める響たちはサッカーの試合に使われているボールに音符を見つけるが、懸命に試合をする子供たちを見て試合が終わるまで音符を取るのを待つことに。しかしやってきたトリオザマイナーが試合を中断させ音符を奪おうとするのだった。

試合をやめさせ、さらには響きたちの集めていた音符まで奪おうとするトリオザマイナーに、四人はプリキュアに変身して立ち向かう。ネガトーンをかわしつつ襲ってくるバスドラ、バリトンたちと戦うプリキュアたち。その間にファルセットはハミィが持っていた音符を奪おうとする。必死に立ち向かうプリキュアだが強さを増したバスドラたちに追い詰められてしまう。しかしあきらめないメロディらは互いに協力してネガトーンやバスドラたちに必死で立ち向かい、クレッシェンドトーンとともに四人技で敵を倒すのだった。

大量の音符を集めることに成功した響たち。フェアリートーンは二度と音符を奪われないようにと頭に頭巾をかぶって用心する。しかし響とハミィがフェアリートーンから離れた隙に再び何者かがフェアリートーンの音符を奪ってしまう。音符を奪ったのは小鳥のピーちゃんだった。響とハミィがフェアリートーンたちが音符を奪われたことに気づいたときには、すでにピーちゃんは飛び去っていた。そしてその頃、調べの館では音吉がノイズの気配を感じていたのだった。