ノイズによってたくさんの音符を奪われてしまったフェアリートーン。今あるのはファリーの持っている音符一つだけ。一方、不幸のメロディの完成まで音符が残りあと一つであることを知ったトリオ・ザ・マイナーはファリーの持つ音符を奪おうと加音町へやってくる。そのことを知った響たちはファリーの音符を決して奪われないようにと考える。しかしみんなから注目されていることを喜ぶお調子者のファリーは高く飛び上がり、バスドラたちに見つかってしまうのだった。

危なくバスドラたちにつかまりそうになるのを間一髪逃げるファリー。響たちはファリーを守るために、バスドラたちがファリーを追いかけているのは映画の撮影であり、ファリーを守るように演じて欲しいと町の人々にお願いする。さらには他のフェアリートーンたちもファリーのような黄色に色を塗り替えたり、色んな物で偽ファリーをたくさん作り町のあちこちにばらまく響たち。それでもなお、お調子者のファリーはトリオ・ザ・マイナーに危うくつかまりそうになってしまう。

ついにバスドラにつかまってしまったファリーだったが、町のみんなが奏でる美しい調べを聞き苦しむバスドラの手からなんとか逃れる。するとファルセットはファリーを巻き込み音符をネガトーンにしてしまう。ネガトーンに閉じ込められてしまったファリーを見た響たちはモジューレを掲げてプリキュアに変身！ 偽ファリーの姿をしたネガトーンに必死で立ち向かうプリキュア四人。そしてついにメロディは閉じ込められていたファリーを救い出すのだった。

ファリーを助けたプリキュアは、四人の合体技でクレッシェンドトーンとともにネガトーンを倒す。しかしネガトーンから取り出した音符が再びファリーに戻った瞬間、現れたノイズが最後の音符を奪ってしまう。そのまますぐにその場から消え去ってしまうノイズとトリオ・ザ・マイナー。すっかり落ち込む響たちだったが、聞こえてくるオーケストラの美しい音色に顔を上げる。演奏を聴く町の人々の笑顔を見た四人は、みんなの笑顔を、幸福を守りたいと気持ちを新たにするのだった。