ある日、三門市で異世界への“門（ゲート）”が開いた。
その“門”から、後にネイバーと呼ばれる侵略者が現れ街を蹂躙、人々は恐怖に包まれた。しかし突如現れた謎の一団が侵略者を撃退し、こう言った 「こいつらのことは任せてほしい。我々はこの日のためにずっと備えてきた」と。
それから4年。三門市の中学校に通う三雲修のクラスに空閑遊真という少年が転校してきた。この遊真との出会いが修の運命を大きく変えることにな る。