Ｔ.Ｃ.4767年──発祥の地である地球を棄ててから四千年、人類は未知の存在グノーシスの出現によって、危機に瀕していた。技術者シオン・ウヅキが乗り込んだ星団連邦軍の巡洋艦ヴォークリンデは、ゾハルと呼ばれる謎の物体を回収する。だが、それはグノーシスを呼び寄せる行為に他ならなかった。グノーシスの襲撃により、艦隊が無惨に壊滅していく中、戦闘用アンドロイド・ＫＯＳ─ＭＯＳが、誰の指令を受けることもなく、起動した。