宇宙空間へ出たＫＯＳ─ＭＯＳが、数万体のグノーシス群を吸収してしまった。自分も知らないＫＯＳ─ＭＯＳの能力に、不安を覚えるシオン。そして、傷ついたエルザは巨大戦艦デュランダルに収容される。デュランダルを所有する特殊財団クーカイ・ファウンデーションが、エルザの雇い主だったのだ。財団の理事であるＪｒ．と出逢う、シオンたち。デュランダルはエルザを修理するため、財団の根拠地である自由軌道型コロニーへと向かう。