エンセフェロンにおいて、攻性プログラムを撃破したシオンたち。だが、シオンは謎の少女ネピリムの導きにより、14年前の旧ミルチアを追体験させられてしまう。それは、シオンが両親の死を目撃した日だ。一方、Ｊｒ．もまた、兄弟であるＵＲＴＶたちと決別した日を再現されていた。つらい過去にうちひしがれる二人。未来を変えるため、過去と向き合う必要があったと、ネピリムは語る。その願いはかなわなかったものの、シオンはＫＯＳ─ＭＯＳの記憶へとアクセスし、クーカイ・ファウンデーションの無実を証明する。