デジタルワールドで展開されていた、イグドラシルとの最終決戦!!　マサルの父・大門博士の魂を宿したバンチョーレオモンが捨て身の行動に出てくれたものの、撃破できたのは仮の姿だけだった…。ついに現れる、イグドラシルの巨大な本体!!　 シャイングレイモンたちは一致団結して立ち向かおうとするが、相手はデジタルワールドの神だ。隙のない攻撃の前に手も足も出ない!!　さらに戦いは人間界へと飛び火。最終決戦の行方は…!?

『浄化』と称し、人間界を滅ぼすと宣言したイグドラシル。彼にとっては、人間こそデジモンの敵。抹殺すべき存在なのである。そのために人間界に降り立つと、まずは知香とピヨモンを始末しようとした。「私の裁きは、デジモンたちの意思…」…あくまで、自分の決断がデジモンの総意であるかのように振る舞うイグドラシル。それに、彼を追って来たイクトが強く反発した。「そんな事はない。人間の事、分かってくれるやつらだっている…!!」

「…オレたちと一緒に、戦ってくれるやつらだっているんだ!!」…そんなイクトの意思に、そして二つの世界を救おうと本気で戦うマサルたちの気持ちに応えるように、次々とデジモンたちが集まって来た!!　湯島のパートナーであるカメモン…。メグミたちのパートナー、ポーンチェスモン…。マサルの自宅にかくまわれていた幼年期のデジモンたち…。そしてロイヤルナイツ。今こそ人間とデジモンたちの『想い』がひとつになる時…!!

デジモンを動かしていたのは、人間が強く願った『生への執着』だった。彼らは世界中から駆けつけると、マサルたちと共にデジタルワールドの落下を阻止しようと奮闘。さらにロイヤルナイツは、そんな彼らを後押ししようとイグドラシルへの反乱を決意する。その様子に、自らが推進していた『デジモン進化実験』が失敗したと判断するイグドラシル。イグドラシルはすべてを白紙に戻そうと、デジモンたちまで抹殺すると宣言した。マサルとアグモンは、イグドラシルの暴走を止めるため、今こそ最終決戦に挑む…!!