マサルとアグモンは最後の戦いに挑もうとしていた。敵はデジモンの神を名乗る『イグドラシル』。自らが推進する「デジモン進化計画」が失敗に終わったと判断し、人間もろともデジモンを滅ぼそうとしたのである。突撃したマサルたちをサポートしようと、援護攻撃を展開する仲間たち。デジタルワールドが落下しないよう、必死に支えるデジモン。その姿に心動かされ、デジモンを応援する人々。決着の時が、ついに訪れる…!!

マサル渾身の一撃を食らい、ようやく敗北を認めたイグドラシル。彼は、人間とデジモンが仲良く暮らせる世界を作ると約束したマサルたちに希望を託し、そのまま永い眠りに就いた。これにより人間界とデジタルワールドを隔てる次元の壁は復活し、ようやく二つの世界に平和が訪れる。そしてイグドラシルに生命を与えられた大門博士も、人間の姿で家族の元に戻って来て、未曾有の危機は奇跡的に乗り越えられたのだった。

次元の壁が復活したとは言え、まだまだ空間は不安定。そこでDATSは、しばらくデジタルゲートを封鎖することにした。ならば…と、デジタルワールドに戻ることを決意するアグモンたち。彼らは、イグドラシルなき後のデジタルワールドを再建しなければならない。だからどんなに別れが辛くても、今はそうしなくてはならないのだ。しかしマサルだけはその事実が受け入れられず、仲間たちが互いのパートナーと最後のひと時を過ごす中、ついアグモンとケンカ別れしてしまう…。

そして別れの瞬間がやって来た。デジタルゲートに乗り込み、別れを惜しむデジモン。それを送り出すトーマたち。だがそこにマサルの姿はなかった。やはり別れが辛いのか…。しかしそれは大きな間違いだった。何とマサルは、大きなリュックを背負って滑り込むように現れたのだ!!　彼は仲間たちに告げる。自分もアグモンについていく。いつ戻れるか解らないが、それまでデジタルワールドを冒険するつもりだ…と!!　こうして仲間たちが新たな道を歩き始める中、マサルとアグモンは相変わらず冒険を続けるのだった…。