前回の戦闘で多大なダメージを被った研究所に、暗黒大将軍とヤヌス侯爵が追い討ちをかけてきた。グレートマジンガーはヤヌスの作戦で動きを封じられ、救出に向かったビューナスＡまで捕らわれて、研究所は丸裸に。ミケロスで現れ、研究所の放棄を要求する暗黒大将軍。剣造は研究所をミケロスに体当たりさせようと考える。