防戦一方だった科学要塞研究所が、ついに火山島要塞の攻略に乗り出す。だが彼らより一歩早く、ヤヌス侯爵が攻撃を仕掛けてきた。ミサイルを迎撃するため出撃するグレートマジンガー。それを追って次々と火山島要塞に上陸するビューナスＡ、ロボットジュニア、ボスボロット。しかし鉄也はヤヌス侯爵の待ち伏せに遭い…。