科学要塞研究所の火山島要塞攻略作戦が開始された。しかし奇襲攻撃のつもりが、常に後手に回ってしまう。しかもその隙に、またもや攻撃を受けてしまう研究所。バリアはミケロスの攻撃で無力化、グレートマジンガーは戦闘獣と相討ちで動くことすらできない。万事休すの状況下、剣造所長は秘密兵器の使用を思いつく。