ガンダルとズリルに、地球上に前線基地を建設するよう命令が下された。ベガ獣を与えられたガンダルは、地球への攻撃を開始。大介たちはベガ獣に振り回され、ガンダルから目を離してしまう。ガンダルはその隙に、日本海溝へと深く潜航してゆく。彼の目をつけた基地建設予定地は、深海の底にあったのだ。