目玉おやじはジョギングをしている最中に行き倒れの妖怪を見つけた。それは太古から生きている妖怪、毛羽毛現だった。家に連れ帰り介抱するが、井戸仙人の薬を使おうとする鬼太郎に、目玉おやじは難色をしめす。いつもふざけた年賀状を送ってくる井戸仙人を目玉おやじは気に食わなかったのだ。介抱の甲斐あって元気になった毛羽毛現は、終の棲家を探して旅をしている途中に、人間の世界に足を踏み入れてしまい、ひどい目にあったと語る。目玉おやじはいろいろ話が合う毛羽毛現と友達になり、妖怪横丁にしばらく逗留することを勧めた。

目玉おやじは毛羽毛現を妖怪横丁に案内して、みんなに紹介する。しかし毛羽毛現は妖怪横丁の住人たちが人間の影響を受けて、人間のように暮らしているのを見て、妖怪は太古のように自然の中で生活するべきだと非難した。横丁の妖怪たちも腹を立ててしまい、言い争いになってしまう。立ち去った毛羽毛現は、ここを自分の理想郷にしようとし始めた。毛羽毛現が見せたいものがあると言って目玉おやじを連れ出した先には、恐竜に変身させられた子泣きじじいや砂かけばばあ、ろくろ首たちの姿があった。太古の世界を再現しようというのだ。

抗議するネコ娘も恐竜にしようとする毛羽毛現。だが、ネコ娘をかばった鬼太郎が代わりに恐竜となってしまう。毛羽毛現は恐竜たちを率いて、妖怪横丁の建物を破壊していき、他の妖怪たちも次々と恐竜化していった。目玉おやじは最後の手段として、みんなを元に戻す薬を作ってくれるように、渋々、井戸仙人のところへ頼みに行く。薬の作り方は発見したものの、井戸仙人は一日20時間寝ることになっているといって寝てしまった。仕方なく横丁へ戻り、毛羽毛現に立ち向かう目玉おやじ。だが、鬼太郎恐竜によって食われそうになってしまう。

絶体絶命の目玉おやじを救ったのは、井戸仙人だった。恐竜になった妖怪たちを元に戻す目薬を作って持ってきてくれたのだ。目薬のおかげで鬼太郎は元の姿に戻ることができた。毛羽毛現を止めようと戦う鬼太郎。その間にネコ娘と井戸仙人は、目薬で他の妖怪たちを元に戻していった。毛羽毛現は恐竜となったぬりかべに押しつぶされそうになるが、目玉おやじの頼みで鬼太郎が助ける。騒動が治まったあと、毛羽毛現は目玉おやじの誘いを断って妖怪横丁を去っていった。落ち込む目玉おやじだったが、井戸仙人の悪態に元気を取り戻すのだった。