海辺で釣りをしていた少年、和也と翔は、魚が全然釣れないので、場所を変えようと付近を散策して、しめ縄が張ってある立ち入り禁止の場所を見つけた。かまわずに入って行って釣りをしようとする２人だったが、どこからともなく赤ん坊の声が聞こえ、急に天気が悪くなってきた。気味が悪くなって帰ろうという翔だったが、隆司は気にしない。そこにいきなり、海から妖怪磯女があらわれ、和也が連れさられてしまう。逃げ出した翔は、近所に釣りに来ていた、ねずみ男とかわうそに出会う。話を聞いたねずみ男は、金儲けになると考えるのだった。

和也の親や漁師たちを集めて、ねずみ男は今回の事件は妖怪の仕業で、退治するために鬼太郎を呼ぶのでお金を出せというが、集金する前に鬼太郎が来て、当てが外れてしまう。翔に和也がさらわれた時の様子を聞いて、現場の岬に調べに行く鬼太郎たち。調査していると磯女があらわれ、おそいかかってきた。鬼太郎は戦うが、磯女に捕まってしまう。後を追って海に入るネコ娘とかわうそと目玉おやじだったが、ねずみ男は逃げてしまう。磯女の住処に連れて行かれた鬼太郎は、そこで磯女の子供のおしゃぶり代わりにされている和也の姿を発見する。

磯女は、子供をあやすために人間をさらって、その鼻をおしゃぶり代わりに吸わせて泣き止ませていたのだ。鬼太郎もおしゃぶりにされてしまう。そこにネコ娘たちが助けにやって来た。だが、どうしてもひきはがせず、とうとう鬼太郎は磯女の子供に飲み込まれてしまう。自分より大きい鬼太郎を飲み込んで、丸々と太ってしまった子供に喜ぶ磯女だったが、子供が空気を吸い込んで更に大きくなっていくのを見て慌てる。実は、飲み込まれた鬼太郎が空気ポンプの術で子供を操って、身体を大きくしていたのだ。子供が操られていることに悲しむ磯女。

磯女が悲しみ泣き叫ぶ声で、海が荒れ、竜巻が起こって村が飲み込まれそうになる。鬼太郎はこれ以上、子供を膨らましたくなければ、さらってきた人間たちを帰すように言う。しかし磯女は、昔からこの浜は自分たちのもので静かに暮らしてきたのに、それを無視して入って来る人間の方が悪いと主張する。磯女の言い分にも一理あると、目玉おやじは鬼太郎に勘弁してやるように言う。鬼太郎は家族をさらわれて悲しむ人の気持ちを訴え、人間たちを帰してくれるように再度説得した。こうして村は救われ、人々は言い伝えを守ることにしたのだった。