突如夜空に二つ目の月が現れた！月はどんどん近づき、東京湾の上空に留まっている。一方、日本では200年以上前に封印されたはずの八百八（はっぴゃくや）だぬきたちが電波をジャックし日本政府の乗っ取りを宣言した。鬼太郎に助けを求めようとしたまなは反たぬき勢力として捕らえられてしまう。まなを助けようと鬼太郎たちはたぬきたちが潜んでいる地下の巨大空間へ。
その頃、日本政府は第2の月をミサイルで撃墜。東京湾に落ちた巨大な物体は、実はある妖怪の卵なのだが・・・
鬼太郎はたぬきたちの企みを阻止できるのか！？