日本はたぬきに政権を乗っ取られてしまった。反たぬき派の人たちが次々に捕まっていく中、人々は互いの言動を監視し合うようになってしまう。
一方、刑部狸（ぎょうぶだぬき）の呪いによって石になった鬼太郎を助けるため、まなやねこ娘たちは再び地下へ向かう。捨て身の覚悟でたぬき軍団と戦う砂かけばばあや子泣きじじいたち。残るは人間のまなだけになったが、まなにかけられた行部狸の呪いが発動し、まなの体に異変が起こる。
そしてついに妖怪獣がついに日本を破壊し始める。鬼太郎たちはこの危機にどう立ち向かうのか！？