ストーリー

身体を機械にかえて、人間は死なないですむようになった。そんな時代にも、やはり貧しい人々は存在する。彼らにとって、機械の身体は高価なものであり、買うことができなかった。そんな中、一つの噂が流れる。銀河鉄道999に乗れば、タダで機械の身体を貰える星に行けるというのだ。
少年・星野鉄郎は母と二人、噂をたよりに銀河鉄道の停車駅、メガロポリスに向かう。その途中、二人は機械伯爵による人間狩りに遭い、母は殺されてしまう。メガロポリスのスラムに居着いた鉄郎は、銀河鉄道のパスを手に入れる機会を伺い、実行に移すも失敗に終わる。しかし、そのとき知り合った謎の美女メーテルから、鉄郎は銀河超特急999号のパスをもらい受けて、メーテルとともに地球を旅立つのだった。
旅の途中、鉄郎は山賊アンタレスや女海賊エメラルダス、キャプテン・ハーロックとその親友大山トチローとの出会い、そして別れを通じて、次第にたくましく成長してゆく。
タイタンで老女から受け取った機械人間に有効な銃である『戦士の銃』で、ついに母の仇・機械伯爵を倒す鉄郎。目的を果たした鉄郎は、いつしか機械の体を憎むようになり機械の体をタダでくれるという惑星を破壊すると宣言する。 そして999号は終着駅に向かった・・・