ストーリー

銀河の深奥に渦巻く超エネルギー・ボルテックス。コズモ博士の発見したそれは、コントロール理論さえあれば全宇宙をも支配できるほど強大な力の塊である。そのボルテックスを狙い、ダガス星に君臨する悪の帝王・ゾアが動き出した。地球に飛来しつつある謎の船も、ゾアが送り出した宇宙戦艦なのだろうか？　ギルモア博士はためらいながらも、緊急事態に備えてサイボーグ戦士たちを研究所に集結させることに決めた。
やがて謎の船は地球に辿り着き、深い海の底に沈んだ。驚くほど巨大で不可思議な外見の船だ。サイボーグ戦士たちと二人の博士が調査に訪れると、船からエアトンネルが伸び、宇宙人の少年がそれを通って彼らのもとにやって来た。少年の名はサバ、ゾアの攻撃によって滅亡したコマダー星の生き残りである。ゾアがコマダー星を攻撃したのは、科学者であるサバの父を拉致するのが目的だった。サバの父もまたボルテックスを発見し、コントロール理論を完成させていた。ゾアはその知識をブレインタップによって吸収し、宇宙征服のために使おうとしていたのだ。騒然となるサイボーグたちの前にダガス軍団の第一軍団長・ガロが現れ、001までもがさらわれてしまう。001とサバの父を救い出し、宇宙の平和を守るため、サイボーグたちはサバの船に乗り込んでダガス星へと向かう！