いつものようにゴミを漁っていたネズミ男は、「チンポ」と名乗る南方妖怪に声をかけられる。チンポはネズミ男に鬼太郎抹殺計画を持ちかける。鬼太郎さえこの世からいなくなれば、人間を騙し、人間から奪い、人間よりも贅沢な生活を楽しむ妖怪本来の生活が取り戻せるというのだ。計画が成功すれば日本の妖怪王にしてやるという甘言に乗せられ、すっかりその気になったネズミ男。彼はユメコを誘拐して人質に取り、鬼太郎とネコ娘を熱帯植物園におびき寄せる。すると南方妖怪の「やし落とし」と「アカマタ」が鬼太郎を襲撃。囚われの身となった鬼太郎の前にネズミ男が姿を現し、味方になれば命を助けてやるとささやく。だが、妖怪と人間の共存を理想とする鬼太郎が、すべての人間を敵とみなす南方妖怪たちの仲間に加わるわけがない。目玉のオヤジが機転を利かせて縄を解くものの、鬼太郎は妖気を残らず吸い取られて瀕死の体になってしまい…。
国民的アニメ「ゲゲゲの鬼太郎」が第3シリーズを迎え、初めて劇場版の新作として公開された記念碑的作品。子泣きじじいや砂かけばばあといったレギュラーメンバーをはじめ、ユニークなキャラクターたちが心躍る冒険活劇を繰り広げる。南方妖怪の独創的な造形にも注目だ。