太秦にある映画村にやって来たキン肉マンたち。と、その時、稲妻が走り、キン肉マン、ミート君、ナチグロンの3人は、閃光に吸いこまれてしまう。何と3人は、タイム・スリップして江戸時代に来てしまったらしいのだ。キン肉マンは筋肉藩の殿さまということで居並ぶ大名たちの中に紛れたのだが、怪人「朱天童子」が、将軍の一人娘・マリ姫を花嫁として差し出さなけれぱ、幕府を潰すと脅迫してきたのだ!気の乗らないキン肉マンだったが、マリ姫の美しさを知ると態度は豹変。かくして、朱天超人とキン肉マンとの戦いが始まった…。
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