ストーリー

かつて地球には、複葉機で魔の山を越えようとした偉大なる探検家がいた。彼の名はファントム・F・ハーロック。息子のハーロックⅡ世もまた、勇敢な空の男だった。彼は戦場で大山敏郎という技術者と出会い、永遠に変わらぬ友情の証として愛用の照準器を渡す。
そして1000年の時が過ぎた。地球はイルミダス星人に征服され、今や見る影もなく荒廃している。そこに一人の男が戻ってくる。キャプテン・ハーロック、遠くファントム・F・ハーロックやハーロックⅡ世の血を引く男だ。彼もまた、祖先と同じように勇気と決断力を備えた空の男だった。操るのは宇宙船、駆け巡るのは銀河という空。大山敏郎の血を引くトチローと出会い、1000年の時を越える友情を確かめ合ったハーロック。彼は絶望の町をさまよいながら、地下放送で自由と希望を謳い続ける恋人の居所を探す。その頃、トカーガ星出身のゾルは、故郷の星がイルミダスに絶滅させられようとしていることを知った。急ぎ向かう必要があるが、頼みのエメラルダスの船も動かすことが出来ない。その時、トチローが叫ぶ。それなら俺の作った船を使おう、と。艦長はハーロック、船の名は“アルカディア”号。遠い祖先が青春の全てをかけた飛行機と同じ名だ！