運行スケジュールの大幅な遅れを取り戻すために999が発動したワープ。しかしワープ空間には時間軸が異なるもうひとつの999が並走しており、現在の鉄郎たちの999と接触事故を起こしてしまう!　もうひとつの999には、過去…あるいは未来のメーテルと車掌、そして鉄郎ではない別の少年・レドリルが乗っていた…。同じ戦士の銃を持つレドリル。鉄郎は彼に親近感を覚えるが、そこに、遊星の接近という新たな危機が迫って…！