ワープ空間で時間軸の違うもうひとつの999と遭遇した鉄郎たち。彼らは2人のメーテルが遭難した遊星『ファントム』に降り立ち、そこで謎の生命体と遭遇した。彼らは機械化人間に過激な敵意を抱いていたのだが、鉄郎たちが自分たちと同じ生身の存在であると知ると、あっさり解放する。だが、車掌が別の生命体に人質にされてしまった!　彼らの要求は999でファントムを脱出すること。実は彼らはこの遊星の機械化人間で、生身の人々に迫害されていたのである。