「あの旗は、骨になっても正義のために戦う証だ！」（正）
ハーロックたちはついに理想郷・アルカディアに到達した。だがそこには、全宇宙の覇権を握ろうとするゼーダー・ゾーンの姿もあった。アルカディアの統治者である黄金女神は、ハーロックとゾーンのどちらに“力”を与えるべきか、どちらが宇宙に平和をもたらしてくれる存在なのか、見極めようとする。そしてついに、ハーロック・ゾーン・イルミダス、三つ巴の戦いに決着をつける時が来た。決戦の舞台は母なる星・地球だ！