ストーリー

西暦2977年、地球はひとつの国家に統一され、文明も科学万能になり、人類は怠惰な平和をむさぼっていた。

ある日、宇宙のどこからか日本のある地域に巨大なペナントがうちこまれた。人々は、これを最近出没している宇宙海賊のしわざだと考えた。

しかし、それは違っていた。大ペナントは未知の宇宙人が地球侵略の目標として打ち込んだ電波灯標であった。

そしてこのことに気付いた人間が二人いた。一人は老科学者台羽博士そして、もう一人は宇宙海賊キャプテン・ハーロックであった。

その台羽博士が殺害された。殺したのは無論、ペナントを打ち込んだ女王ラフレシアの手先の仕業だ。地球の危機を確信したハーロックはマゾーン宇宙艦隊との戦闘を開始する。

一方、台羽博士の息子正は犯人をハーロックと思い込み、ハーロックの船アルカディア号に乗り込む。幾多の戦いの中、台羽正はハーロックへの誤解を次第に解いて行き、大きく成長していった。