突如現れた謎の敵・スカルナイトモンによって、聖なるデジモンのデジタマが奪われた。スカルナイトモンを追って、太一、ヤマト、タケルは黒い沼に囲まれた禍々しい塔にたどり着く。そこには、聖なるデジモンがタケルのもとへ駆けつける際に空けた大穴があった。、この場所こそが聖なるデジモンの囚われていた場所、つまり彼らの目指す目的地だった。そこへ巨大な水虎の姿をしたデジモン・スプラッシュモンが沼から這い出てきて、彼らに襲いかかる。