スカルナイトモンに奪われた聖なるデジモンのデジタマを取り戻すため後を追う太一たちは、番人であるスプラッシュモンを倒し瘴気の沼に体を浸したエルドラディモンの甲羅の上に建つ城の中に侵入した。聖なるデジモンを闇に落とし自分たちの仲間に引き入れようとするスカルナイトモンは、デジタマを瘴気の井戸に沈める。その背後にはデビモンの影が。果たして太一たちは間に合うのか。
一方現実世界では、デビモンの仲間によって管制システムを奪われた大型タンカーに衝突の危機が迫っていた──。