世界中でデジタル機器が使えなくなる中、宙たちは帰ってきた北斗と、彼の助手のテリアモンから状況を聞く。デジタルワールドでは、原因不明の「黒い何か」が木々や水、そしてデジモンたちを次々と浸食し、デジモンたちを凶暴化させているらしい。ふるさとであるデジタルワールドに帰れなくなってしまったのかと、不安に沈み込むたくさんのデジモンたち。これまでに出会ってきた彼らの想いを受けて、宙、瑠璃、清司郎はデジタルワールドに行くことを決意する。