人間界に落ちてきた卵からかえり、知香の友だちになったピヨモン。だがそのピヨモンを取り戻そうと、デジタルワールドからファルコモンとメルクリモン(究極体)がやって来た!!　そのせいでピヨモンは卵の状態で奪い返され、マサルたちは決定的な敗北を突きつけられる。「知香はボクが守る」…そうまで言ってくれたピヨモンとの別れに、知香は絶叫した。しかも今回の失敗が上層部に伝わり、DTASはチーム解散を言い渡されてしまう…。

一度は卵に戻されたピヨモンが、デジタルワールドで復活を遂げた。だが知香の事を強く想っていたピヨモンは、半分心が壊れた状態で、ひたすら彼女の姿を追い求める…。その哀れな姿を見かねたメルクリモンは、自身のパワーを放出して『アクィラモン(成熟期)』に進化させ、再び人間界に解き放った。その事をニュースで知ったマサルは、「今度は負けない！」と決意。だが謎の老人は、彼の未熟さと力不足を指摘し、それに気付かない限りは勝てないと言い放つ。

根性でアクィラモンに一撃加え、どうにかデジソウルを貯めるマサル。だが相手は『ガルダモン(完全体)』に進化し、アグモンがジオグレイモン程度に進化しただけでは手も足も出ない。しかもニュースを見て駆けつけた知香までをも巻き込みそうになり、マサルは自分の不甲斐なさに、ただただ悔しさを噛みしめるだけだった…。「もっと…もっと強くなりてぇ…。もう誰も哀しませないような…!!　強い男になりてェェェ!!」

瞬間、奇跡が起きた!!　マサルが新たな力を発揮し、ジオグレイモンを『ライズグレイモン(完全体)』に進化させたのである!!　これで一気に反撃に転じたマサルとライズグレイモンはガルダモンを撃破。再び卵に戻した。しかしこのままでは、また哀しい出来事は繰り返されるだろう。ならば…デジタルワールドに突撃し、すべての元凶であるメルクリモンを倒さなければ!!　だがそこで、長官がひた隠しにしていた『事実』を打ち明けると言い出す…。