最近のデジモン犯罪にメルクリモンが関与しているなら、デジタルワールドに乗り込み、そのメルクリモンを討伐しよう!!　意気込むマサルたち。そこで長官は、今こそ10年前の出来事を話す時だと、DATS日本支部メンバーに、そしてマサルに当時の事を打ち明けた。そう、あれはデジタルワールドが初めて発見された頃…。デジタルワールドに派遣した政府の調査チームが、思わぬアクシデントに見舞われて危機に陥ってしまった時の事である。

デジモンに襲撃されてキャンプは壊滅。人間界に戻る手段を失い、絶望する研究員たち。それを救ったのが、誰であろうマサルの父、デジモン研究の第一人者「大門スグル」だった。しかしスグルのお陰で調査チームは人間界に戻れたものの、彼自身は依然デジタルワールドで行方不明だという…。「デジタルワールドに乗り込んでメルクリモンをブッ倒し、父さんを探し出して見せる!!」…母からも事情を聞き、マサルは強く決意した。

デジタルワールドに踏み込んだマサル・トーマ・ヨシノ。そんな一同の前に、謎の少年「イクト」が襲い掛かった!!　どうして人間がここに!?　しかもパートナーは、ピヨモン事件のファルコモン!?　おまけにデジヴァイスまで持っている!?　人間を嫌い、メルクリモンに味方する、この少年の正体とは…!?　そんな一同の前に、さらにジュレイモン(完全体)が現われた。しかし彼はメルクリモンに従っているようではなく、森から出て行って欲しいだけのよう…。

ジュレイモンの願いはたたひとつ。この森での争いをやめさせ、早急に出て行ってもらうこと。誕生したばかりのニョキモンたちを守りたかったのである。そこでマサルたちは、突然現われて、無差別攻撃を仕掛けてきたゴツモンに対抗。ヤツが降らせた岩をひとつひとつ破壊し、ゴツモンやイクトたちを撤退させた。最初は人間を嫌っていたジュレイモンも、そんなマサルたちの勇敢な行為を認めて、メルクリモンの居場所を教えてくれるのだった。