突然消えた、サーベルレオモンのデジ玉。そして、バトルに参加した謎のデジモンの正体…。謎が謎を呼ぶ中、ついに転送機の修理が完了する。だが「再びデジタルワールドに突入できる!!」…と喜ぶ暇もなく、またもや不穏な空気が漂い始めていた。国家機密庁の命令で、メルクリモン説得作戦が展開されようとしていたのである。リーダーは、発案者である倉田博士。これで彼はDATSを指揮下に入れ、マサルたちに自由に命令を下せる立場になる…。

転送機の調整で、作戦開始まで一日の余裕をもらったトーマ。だがそこには倉田博士との目に見えない駆け引きがある様子…。実は彼、博士の思惑に敏感に気付いていたのだが、その真意をいまいち図りかねていたのである。その頃、作戦の事をマサルから知らされたイクトは迷っていた。自分も作戦に参加したい。だが、果たしてどちらの側についたらいいのか…!?　「決心がつかねえなら残れ。お前が辛いだけだ」…マサルの言葉が胸に突き刺さる。

「果たして、全ての人間が悪なのか?」…以前にマサルと拳を交えたメルクリモンもまた迷っていた。あの魂には一点の曇りもなかった。ならば、他にもそんな人間がいてもおかしくはない…。だがその答えが出る前に、マサルたちがデジタルワールドに突入。その事実を教えられたゴツモンが、さっそく人間の排除に乗り出す。ズドモン(完全体)をけしかけ、トーマやヨシノを翻弄するゴツモン。さらに自らも完全体に進化する…!!　「見せてあげましょう、私の本当の姿を!!」

完全体って…色が変わっただけ!?　いやいや、そのパワーは通常のゴツモンとは比べものにならない!!　スピードもパワーも格段にアップし、徐々にマサルたちを追い詰めていく…。一方、イクトはマサルの母と話すことで、自分の進むべき道を見出していた。「あなたは…どうしたいの?」…人間とデジモン、両方の気持ちが解るのはイクトだけ!!　ならば自分が両側の架け橋になる!!　そしてメルクリモンの前にやって来たマサルたちに、ようやく合流する…!!