ついにメルクリモンの元に辿り着いたマサルたち!!　その中で彼らは、人間とデジモンの対立の原因を作った人物が誰であるかを知らされた。 …そう、兵士を連れてデジタルワールドに踏み込み、イクトやファルコモンを育てたユキダルモンを消滅させたのは…倉田博士だったのだ!!　あれはイクトがデジタルワールドに消え、彼を探すために探検隊が組織された当時…。探検隊に加わった倉田は、デジモン恐ろしさに発砲し、両者の対立の原因を作ったのである。

一方、彼とは対照的に、探検隊のリーダー的な役割を担っていたマサルの父『大門英(スグル)』は勇敢だった。襲い来るメルクリモンから仲間たちを救おうと、拳ひとつで挑んだのである!!　英の澄んだ心に触れ、人間を信用しようと思い始めるメルクリモン。彼はデジモンと人間を共存させるため、鍵を握る『イグドラシル』の事を教えたという。英は、そのイグドラシルなる存在を探すためにデジタルワールドで旅を始め、その一方で両世界の干渉を防ごうと、DATS設立を通信で指示したのだ。

デジヴァイスの設計図が英から送られた事、DATS設立が英の指示だった事が明かされる中、倉田の暴挙もメルクリモンによって語られていた。倉田は自身が開発した新型デジモンを兵たちに持たせて進軍すると、ユキダルモンをはじめ、数々のデジモンを攻撃。デジ玉さえ残らないよう消滅させたのである。それは、死なないはずのデジモンの死…。幼いイクトが戦士になったのは、ユキダルモンの死を看取った、その時からだった。

そして今、倉田はパワーアップさせた新デジモン『ギズモン:AＴ』を、メルクリモンに差し向けていた!!　「倉田…テメェがすべての原因だったか!!」…怒りに震えたマサルたち。彼らは、今は倉田が上司である事も忘れて拳を握る。そう、ヤツがいる限り、人間とデジモンの間にできた心の溝は埋まらない。信頼しあうことなどできない…!!　「テメェだけは…絶対に許さねェ!!」…マサルの怒りが爆発した!!