『聖なる都』と呼ばれ、多くのデジモンたちが住む巨大亀型デジモン『エルドラディモン』。そこを拠点に、マサルたちは倉田軍団に立ち向かおうとしていた。旗印になるのは、かつてこの都を救った『救世主』…大門スグルの息子・マサル。長であるバロモンだけではなく、すべてのデジモンの信頼と期待を背負う大役だ。だがここに、そんな彼の待遇に嫉妬心を抱く人物がいた。トーマと、そのパートナー・ガオモンである。

偵察に出たイガモンの報告から、倉田軍団の集結場所が判明した。ここで一気に攻め込もうとするマサル。だがトーマがその意見に反対した。これは絶対に罠だ、とどまって倉田の攻撃に備えるべきだ…と。結局、トーマの意見は聞き入れられることなく、マサル・イクト・アグモン・ファルコモンの4人が攻撃作戦を展開する事が決定。トーマやヨシノたちは、非常事態に備えることに。トーマとガオモンは納得していないようだが…。

「マサルがムチャを押し通すのは、トーマを信頼しているからだと思うけどな」…ヨシノにそう言われても、トーマは納得できなかった。そしてそんな気持ちを抱いたまま、エルドラディモンに攻撃を仕掛けにきたナナミと対決する事になる。彼女が狙っているのは、エルドラディモンが浮かぶ湖の、まるで排水口のような役割を果たす滝。ここを破壊されれば、湖の水が流出し、エルドラディモンは無防備になってしまう…!!

「私と手を組みませんか？」…自分と共に世界を支配しようとトーマに誘いをかけたナナミ。だがトーマはそれを拒否。『バイオロトスモン(究極体)』に変身したナナミに立ち向かった!!　彼はその中で知る。自分の計算された攻撃が、ナナミには無意味であること。勝利したのは、マサルのような、本能や勘に頼った攻撃のおかげであった事を…。勝つには勝った。だが、釈然としない思いが残ったのも真実だった…。