さらなるデジソウルを得て、究極体の力を手に入れたマサルたち。彼らはバンチョーレオモンが示してくれた、『聖なる都』を目指し、ひたすら歩き続けていた。そんな彼らの前に現れたのは、まるで街ひとつを背負ったような、超大型カメ型デジモン『エルドラディモン(究極体)』!!　それこそ『聖なる都』。長であるバロモンが統治する、デジモンの一大コミュニティーだったのだ!!　だがそこでマサルたちを待ち受けていたのは…!?

マサルたちはバロモンに囚われてしまった。彼らは人間を信用しておらず、倉田一派の仲間としか考えていない。そのため、彼らは闘技場での処刑を言い渡されてしまう。しかもそこには、以前のデジタルダイブ以来、消息不明になっていた湯島所長まで…。襲い掛かる、獰猛な『ケルベロモン(完全体)』。もはや諦めるしかないのか!?　だがその時、湯島所長のパートナーであるカメモンが登場。密かにアグモンたちを解放し、マサルたちを助けさせた!!

マサルたちが自由になったことで、騒然となる闘技場。しかも彼がデジソウルを燈したことで、さらなる混乱が巻き起こる。「あのデジソウルは、まさか…!?」。バロモンは気付いた。あのデジソウルこそ、かつてこの都と、エルドラディモンを救った救世主と同じものだと…。ならばあの少年は、その救世主の息子なのか!!　そう、救世主…大門スグルの…!!　マサルの炎のように燃え上がるデジソウルが、みずからの立場を一変させた!!

『敵』から一転、客人としてもてなされるマサルたち。だが安心する暇もなく、ギズモン軍団が襲来!!　聖なる都に襲い掛かった!!　だが決定的なピンチも、思わぬ援軍の登場で助けられる。彼らは『イガモン(成熟期)』の一族。イクト&ファルコモンが連れてきた、心強い仲間だ!! これで一大抵抗勢力を形成したマサルたちは、いずれ訪れる戦いを予感し、気を引き締めるのだった。一方倉田は、コウキたちのパワーアップを終え、最終決戦を仕掛けようと画策する…。