倉田との戦いは新たな展開に移ろうとしていた。何と彼の策略で、エルドラディモンが人間界へと送り込まれてしまったのである!!　大騒ぎになる人間界。報道陣も駆けつけ、「謎のモンスター来襲!!」とデジモンに敵意と不安の目を向ける。人々はデジモンが優しい存在である事も、マサルと倉田のどちらが正しいかも知らない。むしろデジモンを駆逐しようとする倉田に期待していた。そんな中、ついにマサルとコウキの戦いの火蓋が切って落とされる!!

『バイオダークドラモン(究極体)』に変身し、マサル&シャイングレイモンに挑んだコウキ。その役目はひとつ。倉田が作戦を完了させるまでマサルを引きつけておく事。そうとは知らず、バイオダークドラモンの攻撃力に手を焼くマサルたち。本気で攻撃を仕掛けたくても、ビルや人々を巻き込む恐れがあっては決定的な攻撃ができない…!!　そんな中、エルドラディモンに残ってギズモン軍団と戦っていたトーマたちは、倉田の不穏な動きに焦りを感じていた。

軍艦に登載した新型兵器『デジタルハザードシステム』で、エルドラディモンの四肢を絡め取った倉田。身動きできなくなったエルドラディモンに、果たして何をするつもりなのか…!?　さらに彼はギズモン軍団を結合させ、巨大な槍『ギズモジャベリン』の形成を開始。作戦の最終仕上げに向け、着々とミッションを遂行していった。エルドラディモンの危機を知ったマサルは、ピンチの中でも希望を見失わず、最後の最後まであがくのだが…!?

「何度倒されようが、何度でも立ち上がってやる…何度でもな!!」…その心意気が、マサルとシャイングレイモンに新たな力を与えた!!　その名は『ジオグレイソード』!!　これで一気に逆転に転じたマサルたちは、バイオダークドラモンの撃破に成功!!　エルドラディモンの救出に向かった!!　だが時すでに遅く、エルドラディモンはギズモジャベリンの餌食に…。さらに謎の黒服たちと接触したトーマが、マサルたちの元から去ってしまう。