倉田との戦いは、最悪の状態で第一ラウンドを終了していた。人間界へと持ち越された大戦争は、守るべきエルドラディモンが撃破されるという緊急事態に。しかもトーマは、実家であるノルシュタイン家の黒服に連れ去られて、謎の戦線離脱。街も破壊され、人々はデジモンを敵視するようになる。さらに手配されたマサルたちは、地下アジトに隠れざるを得なくなっていた。その一方で実家に戻っていたトーマは、妹『リリーナ』との再会を果たす…。

病気のリリーナが、日本に来られるとは思っていなかったトーマ。驚きを隠せないでいた彼は、さらに邸宅に入って驚いた。何と、そこに倉田がいたのである。どうやら倉田なら、リリーナの病を治すことができるらしい。その発言に心が動かされたトーマは、自分の手先になれと交換条件を出して来た倉田の話に耳を傾けることにした。それが、悪魔との契約に等しい行為であると知りながら…。

倉田と手を組むことにしたトーマ。果たしてそれは本心なのか、それとも…。その頃、マサルたちの元にはバンチョーレオモンが訪れていた。彼は語る。ジオグレイソードを上回る、『バーストモード』なる未知のパワーが存在すること。それは予想もしないような力を生み出す一方で、パワーに飲み込まれる危険性があること。そして最後につけ加えた。「バーストモードは、絶対に使ってはならない…」

聖なる都(エルドラディモン)の生き残りがギズモンに襲われていると聞き、現場に直行したマサルたち。そこで彼は、敵意をむき出しにするトーマと再会した。「僕は、倉田博士と一緒に平和な世界を作る!!」…信じられない言葉を吐き捨て、ガオモンと共に戦いを挑んでくるトーマ。その時、怒りで我を忘れそうになったマサルが、未知なるパワーを発揮した。バンチョーレオモンが警告した、あのバーストモードだ!!