倉田の手下として、マサルたちの前に現れたトーマ＆ガオモン。妹リリーナの病を治すには倉田の手を借りるしかなく、苦渋の選択だっただろう…。だがそんな理由を知らないマサルたちは、ただ戸惑うのみ。そんな中だった。『バーストモード』という、絶対に発動してはならないパワーを、マサルが呼び覚ましてしまったのは!!　まるでマサルの怒りに呼応するかのように凶暴化したシャイングレイモンは、その圧倒的な負のパワーで暴走を始めてしまう…!!

暴走したあげく、市街地を破壊したシャイングレイモン。彼はデジタマに戻るという謎めいた現象に見舞われ、そのまま沈黙してしまった。デジタマからかえす方法も解らず、例えかえったとしても、元の記憶を残しているかどうかは不明…。もしここにトーマがいてくれたら…。一同は深いため息をつく。その頃、トーマは倉田の野望の正体を打ち明けられていた。その目的とは、七大魔王のひとつに数えられる『ベルフェモン(究極体)』を、スリープモードから覚醒させること…!!

ベルフェモンは、倉田がデジタルワールドの遺跡の奥深くから発見した最終兵器。これを復活させられれば、デジモンを全滅させるという当初の目的以上のものが手に入る。それは…人間界!!　彼はデジタルワールドと人間界を、同時に支配しようとしていたのである!!　その事実を告げられ、なぜか笑みを浮かべるトーマ。そこへ、こっそり探りに来ていたイクトとファルコモンが突然なだれ込んで来た…!!

ベルフェモンのことをマサルたちに告げようと、離脱を図ったイクトたち。そんな彼らの前に、トーマたちが立ちふさがった!!　助けたくても、今のマサルには何も出来ない。ただ気持ちだけが先走るだけ…。そのせいでヤタガラモン(ファルコモン)は、ミラージュガオガモン(ガオモン)の一撃を食らい、消息不明になってしまう。一方、姿を消していた湯島所長は、リリーナの病室に白衣姿で現れていて…!?