秀才メンバーのトーマとチームを組むことになったマサルとアグモンだったが、両者の歯車はまったく噛み合わなかった。マサルとアグモンを無能呼ばわりし、自分たちの足枷にしかならないと毛嫌いするトーマ。方やマサルたちも感情に任せて突っ走るばかりで失敗ばかり…。お目付け役のヨシノも、この仲の悪さは頭を抱えるしかなかった。だがどんなに両者がチームを嫌がっても、隊長命令とあっては共に行動するしかない…。

そんな中、銀行強盗の2人組がモグラタイプのデジモン「ドリモゲモン」を利用し、次々と襲撃するという事件が発生した!!　さっそく現場に駆けつけ、一味の確保に取り掛かるマサルたち。だが犯人コンビの身柄には成功するものの、ここでもマサルとトーマは衝突する。「地面で戦えば地中に逃げられる…ならば水の上に誘い込もう」…トーマが作戦を立てたのに、マサルたちの先走り行為がまたもや邪魔してしまったのだ!!

地中に潜って脱出を計ったドリモゲモンを追い、ついにアグモンとガオモンで挟みうち!!　そんな決定的な場面で事件は起こってしまった。前後から放たれたアグモンとガオモンの攻撃が、ちょうどドリモゲモンの頭上でぶつかり、互いの技の威力を相殺してしまったのである!!　そのせいでドリモゲモンはデジタルゲートを通ってデジタルワールドへと逃れてしまい、マサルとトーマのコンビには決定的な亀裂が生じてしまう…!!

「もうチームは組めない！」…解散を隊長に進言するマサルとトーマ。その中でトーマは、「デジタルダイブ」でデジタルワールドに行く事を願い出る。あくまでドリモゲモンを追うつもりなのだ。だが人間がデジタルダイブをすることは禁じられている。絶対に帰って来られる保証はないからだ。だがその夜、当直をしていたヨシノの目の前で、何者かがデジタルダイブを決行してしまう。まさか、トーマが…!?