デジモンの神『イグドラシル』を名乗り、人間の敵になった大門スグル博士。そんな父の真意を知りたいマサルは、たった一人でデジタルワールドへと乗り込んでいた。残されたヨシノやイクトたちは、人間界への攻撃を本格的に開始したロイヤルナイツ配下『ナイトモン』の軍団に対抗。休む間もなく次々と撃破していく…。そんな中、湯島から連絡を受けたトーマ&ガオモンは、急いで空港へと向っていた。妹『リリーナ』に、危機が迫っていたのだ…!!

ノルシュタイン家を守る…そんな理由で、トーマの父はリリーナを連れて帰国しようとしていた。だが今は、未曾有の緊急事態。どこへ行っても危険である事に変わりはないし、飛行機で飛び立つなど言語道断。死ぬために離陸するようなものだった。元々父に反発していたトーマではあったものの、「オマエが守ればいい」と身勝手な態度を取る父に、もはや怒りが収まらない様子…。彼は怒りを強引にねじ伏せ、今は任務として、そして発作を起こしたリリーナのために戦おうとする…。

父と子の不和は、トーマ幼少時にまでさかのぼる。原因は、父の不甲斐なさだった。母を亡くしたトーマは、当時暮らしていた日本を離れ、祖母が守るノルシュタイン家で暮らすことになる。だが祖母は、庶民の娘の子であるトーマをノルシュタイン家の長男だとは認めなかったのだ。しかも父は、そんな祖母に言いなりになるだけ…。母の名誉も守らず、自分も守ってくれなかった父…。だからトーマは、「ノルシュタイン家の人間なら…」と、家名だけを押し付ける父に強く反発していたのである。

だがそんな氷のような心も急速に溶けていく事となった。今まさに、ロイヤルナイツのひとり『ロードナイトモン(究極体)』と交戦中。身を挺してリリーナを守ったトーマは、父の「私もノルシュタイン家を守るために必死だったのだ!!」という告白を聞き、幼き日の泣いていた自分と、泣き崩れた父の姿を重ね、ようやく父を受け入れたのである。そしてバーストモードを発動させると、それまでの苦戦も嘘のようにロードナイトモンを撃破。またひとつ成長し、マサルを助けるために自らもデジタルワールドへ旅立つのだった。