次元振動爆弾の影響で、今や次元の壁が崩壊し、ぶつかる危機にある人間界とデジタルワールド。そんな中で、デジモンの神にしてマサルの父『イグドラシル』は、人間界を消滅させるよう親衛隊の『ロイヤルナイツ』に命じていた。避難を完了し、もはや人間界は完全なゴーストタウン。街には、ロイヤルナイツの配下と戦うヨシノ・ララモン・イクト・ファルコモンの姿しかない…。

そんな中、マサルの家の庭に、幼年期のデジモンたちが落下してくるという事件が発生した。どうやら、嵐に巻き込まれてデジタルワールドから飛ばされてきたらしい…。しかもその中には、かつて知香のために戦ったピヨモンの姿もあった。マサルと父の帰りを待つため、避難せずに母と共に家に残っていた知香は、思いがけない再会に目頭を熱くさせる。しかし、一度デジタマに戻ってしまったピヨモンに彼女との記憶はない…。

とりあえずデジモンたちを引き取る事にした知香たちは、ヨシノやイクトにも手伝ってもらい、彼らの世話を始めた。だが幼年期のデジモンたちは、好き勝手にはしゃぐばかり。クッションの取り合いに、風呂場での水遊び。トイレも所かまわずで、少しも目が離せない。大門家は、まるで幼稚園のような大騒ぎに見舞われていた。それでも共同生活は楽しく、知香もママさんも嬉しそう。その中でイクトは決断する。自分が、このデジモンたちにアニキになる…と。

ロイヤルナイツのひとり『獣騎士ドゥフトモン』が現れたのは、就寝間近の出来事だった。彼は目的を達成させるためならば、デジモンの犠牲など省みない非情な戦士。それが許せないイクトやヨシノは、窮地に立たされながらも必死に抵抗する。今こそバーストモードの発動だ!!　そして二人はロゼモンとレイヴモンをバーストモードに進化させると、ドゥフトモンを撃破。トーマと合流し、デジモンを守るためにも再びデジタルワールドをめざすのだった…!!