コードクラウンのありかがホエーモンの腹の中と知ったネプトゥーンモンが、空から巨大ポテDに紛れさせて爆弾を落とす。すると、動き出す島――それは巨大なデジモン・ホエーモンだった。爆弾でホエーモンを弱らせ、腹の中のコードクラウンを探すという作戦だが、その爆弾を危険を省みずに払いのけるシャウトモン。更に、タイキとともにホエーモンの口の中へ入ったシャウトモンをフライモンの毒針が襲う。弱るシャウトモンを助けたホエーモンは、二人の島を守りたいという気持ちを知り、コードクラウンを託すことに。

ホエーモンの外で待ち構えていたエビドラモンと戦うシャウトモン×2。強敵エビドラモンに劣勢となるシャウトモンらを助けるため、チビカメモンが海中神社から伝説のデジモンのデータが入っている『デジメモリ』を取ってくる。タイキはデジメモリでリヴァイアモンを呼び出し、エビドラモンを倒した。だが、安心する間もなくシードラモン軍団が島を取り囲むのだった。